Gia đình vương thất Tây Ban Nha lâm vào cảnh sống lưu vong vào ngày 14 tháng 4 năm 1931 sau cuộc bầu cử thành phố đưa Đảng Cộng hòa lên nắm quyền ở hầu hết các thành phố lớn, dẫn đến việc tuyên bố nền Cộng hòa Tây Ban Nha thứ hai. Alfonso XIII đã hy vọng rằng việc tự nguyện sống lưu vong của mình có thể ngăn chặn một cuộc nội chiến giữa Đảng Cộng hòa và Đảng Quân chủ. Cả gia đình ban đầu đến sống ở Pháp, sau đó dời sang Ý. Trong khoảng thời gian này, Victoria Eugenie và Alfonso quyết định ly thân và Vương hậu thường định cư qua lại ở Vương quốc Liên hiệp Anh và Thụy Sĩ. Ena cũng đã mua lâu đài Vieille Fontaine ở bên ngoài Lausanne.

Năm 1938, cả gia đình đến Roma để tham dự làm lễ rửa tội của Vương tôn Juan Carlos, con trai đầu lòng của Vương tử Juan (con trai út của Victoria Eugenie và Alfonso XIII) tại Cung điện Malta, chủ trì bởi Hồng y Quốc vụ Khanh Eugenio Pacelli (người đại diện cho Giáo hoàng Piô XI đang đau ốm và chính ông sẽ trở thành Giáo hoàng Piô XII trong vài tháng sau đó). Vào ngày 15 tháng 1 năm 1941, Alfonso XIII, cảm thấy cái chết của mình đã cận kề, đã chuyển giao quyền thừa kế ngai vàng Tây Ban Nha cho con trai út là Juan, Bá tước xứ Barcelona. Ngày 12 tháng 2 năm 1941, Alfonso trải qua cơn đau tim đầu tiên và qua đời vào ngày 28 tháng 2 cùng năm. Theo Harold Tittmann, đại diện của Hoa Kỳ tại Vatican vào thời điểm đó, Victoria Eugenie buộc phải rời khỏi Ý vào năm 1942, vì đã trở thành nhân vật không được hoan nghênh đối với chính phủ Ý, vì "sự ẩn mình tệ hại có khuynh hướng về phe Đồng minh" của Ena.[12]

Victoria Eugenie trở lại Tây Ban Nha một thời gian ngắn vào tháng 2 năm 1968, để làm mẹ đỡ đầu cho cháu chắt là Vương tằng tôn Felipe, con trai của Vương tôn Juan Carlos và Vương nữ Sophia của Hy Lạp và Đan Mạch. Felipe sau này trở thành Quốc vương Tây Ban Nha vào tháng 6 năm 2014, sau khi cha ông, Juan Carlos I thoái vị.